W p r o w a d z e n i e:
Niniejsze opracowanie ma na celu przedstawienie kompletnego modelu poznawczego powstania życia na Ziemi, czyli udzielenia odpowiedzi na pytanie:
D u a l i z m N a t u r y R z e c z y:
Wszystko zaczyna się od właściwości materii określanej mianem Dualizmu Natury Rzeczy. Przejawia się on cyklicznym grupowaniem cząstek i rozpadem powstałych w wyniku tego procesu obiektów.
W przestrzeni kosmicznej cząstki mają tendencję do grupowania się w planety, gwiazdy, galaktyki itp., każdy obiekt astronomiczny jest pojedynczym ośrodkiem koncentracji materii. Obiekty większe pochłaniają mniejsze. Najsilniej koncentrują materię tzw. czarne dziury. Gdy dochodzi do przekroczenia pewnych wartości granicznych skoncentrowana w ten sposób materia eksploduje tworząc tzw. Wielki Wybuch.
Zjawisko to zachodzi również na Ziemi. A nasze ziemskie warunki grawitacyjne, szczególnie w obszarach materii płynnej, powodują, że grupujące się cząstki, po przekroczeniu pewnej wartości granicznej samoistnie się rozdzielają.
C z ą s t k i t y p u R P D:
Wymiary Ziemi spowodowały, że na jej powierzchni część materii znajduje się w stanie płynnym. Pierwotne oceany były mieszaniną wody, metanu, amoniaku oraz wodoru - naukowcy nazwali tę mieszaninę bulionem pierwotnym. W tym właśnie płynnym środowisku i w tych właśnie warunkach grawitacyjnych miały szansę zaistnieć aminokwasy oraz cząstki typu RPD - cząstki przyłączające do siebie elementy z otoczenia i po przekroczeniu pewnych rozmiarów rozpadające się na np. dwie mniejsze cząstki tego samego typu, które dalej przyłączały kolejne elementy, aż do kolejnego rozpadu.
Wśród elementów tworzących cząstki typu RPD były fosfolipidy, w wyniku agregacji których powstawały liposomy - cząstki RPD w postaci błon zamkniętych (jak baloniki) oraz nukleotydy rybozowe, które tworzyły RNA - cząstki RPD w postaci łańcuchów (podobne elementy doczepione jeden do drugiego). Jak nietrudno się domyślić liposomy pękały na mniejsze baloniki, natomiast w przypadku RNA sprawy przebiegały w sposób bardziej skomplikowany. Łańcuchy powstające z nukleotydów rybozowych mają różne właściwości. Zarówno struktura, jak i właściwości RNA są uzależnione od sekwencji nukleotydów, z których zbudowana jest dana cząsteczka.
R e p l i k a t o r y:
Choć jeden z typów łańcuchów RNA był cząstką typu RPD to łańcuch, który tworzył również sam w sobie stanowił cząstkę typu RPD i to cząstkę szczególną. Cząstkę, która tworzyła komplementarne kopie (inaczej: negatywowe lub lustrzane odbicia) samej siebie, co oznacza, że przy drugim podziale powstawała identyczna kopia łańcucha pierwotnego. W ten oto sposób pojawiły się replikatory - cząstki wiernie kopiujące same siebie. W tym momencie należy zwrócić uwagę na słowo "wiernie" - kopie cząstek były identyczne, jednak w trakcie wielkiej liczby kopiowań zdarzały się również błędy i wówczas w procesie powielenia powstawała nie "identyczna w 100% kopia", lecz "prawie taka sama". Kopia łańcucha nukleotydów rybozowych mogła się na przykład odróżniać od swej pierwotnej matrycy brakiem lub nadmiarem jednego elementu.
P u l s u j ą c y g ł ó d z a s o b ó w:
Jeśli do analizy bulionu pierwotnego, w którym zaistniały cząstki typu RPD użyjemy matematyki, to nietrudno zauważyć, że w środowisku cząstek typu RPD ich liczba zwiększała się w sposób wykładniczy (1,2,4,6,16,32,64,128,256,1024,…), natomiast liczba wolnych elementów do ich budowy malała. Przy odpowiednio dużej liczbie cząstek typu RPD pojawił się naturalny "głód" na elementy, których było coraz mniej, natomiast namnażające się cząstki dalej dążyły do ich pozyskania. Pojawiła się też kolejna możliwość: jeśli brak było wolnego elementu, to można było go pozyskać "kradnąc" go cząstce podobnej sobie. Pamiętamy, że replikatory w większości tworzyły identyczne kopie samych siebie, jednak czasem przez przypadek powstawały nieco inne, o nieco innych właściwościach. Właściwości te mogły być bardzo różne, ale jedne nas szczególnie interesują, chodzi mianowicie o zdolność pozyskiwania elementów. Jeśli taka nieco inna cząstka lepiej je pozyskiwała lub lepiej utrzymywała przy sobie to niszczyła okoliczne cząstki. W ten sposób w pierwotnej zupie pulsującej od powielających się replikatorów powstała "walka konkurencyjna" o elementy niezbędne do powielania się oraz zjawisko łańcucha sukcesji. Te bowiem cząstki, które lepiej "przyciągały do siebie" i/lub "mocniej trzymały przy sobie" niezbędne elementy powielały się, natomiast te, które robiły to gorzej, znikały z powodu niemożliwości powielenia się.
Walkę konkurencyjną mającą na celu pozyskiwania niezbędnych elementów można wygrać na dwa sposoby: albo poprzez coraz doskonalsze taktyki własne cząstki albo poprzez współdziałanie kilku cząstek polegające na połączeniu ich "sił".
R e p l i k a t o r y s y n t e t y z u j ą c e:
Nałożenie się obu tych kierunków doskonalenia walki konkurencyjnej doprowadziło do powstania nowego typu replikatorów: replikatorów syntetyzujących. W chwili obecnej trudno jest powiedzieć, które z cząstek, kilka miliardów lat temu, je utworzyły. Jednak ze zjawiska zachodzącego obecnie w każdej żywej komórce, można domniemywać, że powstały one ze współpracy trzech różnych typów RNA. Najbardziej prawdopodobnym jest, że to właśnie ta współpraca okazała się kluczowa w przekształceniu zjawisk RPD i replikacji w życie. Tymi szczególnymi cząstkami okazały się następujące cząstki RNA (łańcuchy tworzone z nukleotydów rybozowych):
cząstki mRNA (messenger RNA) - samoreplikujące się, na zasadzie negatyw/pozytyw, cząstki stanowiące łańcuchy informacji, w których zapisany jest kod genetyczny;
cząstki tRNA (transfer RNA) - cząstki transportowe pobierające ze środowiska odpowiednie aminokwasy i przyciągające je w odpowiednie miejsca łańcuchów informacyjnych jakimi są mRNA. Pasująca cząsteczka tRNA powiązana z odpowiednim aminokwasem przyłącza się w rybosomie do aktualnie przetwarzanego fragmentu matrycy (mRNA), po czym aminokwas ten jest dołączany do syntezowanego białka, a tRNA zostaje uwolnione;
cząstki rRNA (ribosomal RNA) - cząstki katalizujące (obecnie wchodzące w skład rybosomów, które biorą udział w procesie biosyntezy polipeptydów) - budujące struktury białkowe z aminokwasów przyciągniętych przez tRNA do mRNA i ustawionych w odpowiedniej kolejności w oparciu o informację zapisaną w łańcuchach informacyjnych mRNA.
Współpraca tych właśnie trzech typów RNA była kluczowym czynnikiem, który przekształcił zjawisko RPD w replikatory syntetyzujące, które mogą być uważane za pierwsze obiekty żywe.
Schemat budowania łańcuchów białkowych przez tRNA na podstawie informacji zapisanej w mRNA. Synteza łańcuchów białkowych odbywa się w otoczeniu rRNA. Zarówno tRNA, mRNA oraz rRNA są cząstkami typu RPD.
Białko - jedno, krótkie słowo, zaledwie sześć liter, a przecież białka to jeden z najważniejszych elementów życia. Bez nich by go nie było. Bez innych biopolicząstek, takich jak polisacharydy czy polinukleotydy, również nie, ale białka są arcyszczególne. Arcyszczególne potrójnie! Trzy bowiem właściwości stanowią o ich unikalnym charakterze:
po pierwsze białka to długie łańcuchy zbudowane z zaledwie dwudziestu elementów - aminokwasów (podstawowych) połączonych kolejno jeden do drugiego
po drugie struktury białkowe w zależności od kolejności w jakiej ułożone są aminokwasy mogą mieć przeróżne właściwości,
i po trzecie strukturę białkową można zbudować… na podstawie projektu.
Zaledwie dwadzieścia cegiełek – jakimi są aminokwasy podstawowe – połączonych w różne ciągi tworzy struktury małe i duże, rozpuszczające się w określonych (przeróżnych) rozpuszczalnikach lub nie, charakteryzujące się przeróżną czepliwością (powinowactwem) do innych związków chemicznych, "lubiące" wodę lub nie, o odczynie zasadowym lub kwasowym, mające ładunek elektryczny lub nie, elastyczne lub sztywne itd. Ponadto wiele rodzajów białek zupełnie odmiennie reaguje na określone bodźce, na przykład jedne mogą się skurczyć w wyniku zmiany potencjału elektrycznego, a inne wytworzyć potencjał elektryczny pod wpływem światła.
Wymienione właściwości białek powodują, że stały się one kluczowymi elementami w konkurencyjnej grze o zasoby: niektóre z nich w bardzo istotny sposób przyczyniły się do wzmocnienia możliwości "przyciągania do siebie" i/lub "mocniejszego trzymania przy sobie" niezbędnych elementów.
W tym momencie przerwijmy na chwilę rozważania na temat powielających się cząstek i omówmy abstrakcyjny proces gerpedelucji. Jest to cykliczny proces składający się z trzech, powtarzających się po sobie, etapów:
Produkcji zbioru obiektów na podstawie zbioru projektów
Selekcji spośród wyprodukowanych obiektów tych, które spełniają pewne kryterium (tzw. kryterium selekcyjne)
Powielenia z modyfikacją zbioru projektów, na podstawie których były stworzone obiekty wyselekcjonowane w poprzednim etapie. Powstały w ten sposób zbiór projektów kierowany jest do etapu produkcji.
W ten sposób produkowane są w fabrykach całego świata wszelkie produkty, w tym samochody, telewizory i koszule. A produkcja polega na dostarczeniu niezbędnych elementów do fabryki i połaczeniu ich w sposób zapisany w projekcie. Okazuje się, że wraz z powstaniem replikatorów syntetyzujących dokładnie ten sam proces został samoistnie zainicjowany w omawianym przez nas pulsującym bulionie pierwotnym.
Replikatory syntetyzujące produkują się same na podstawie projektu. Produkcja ta polega na dostarczaniu przez tRNA (element dostarczający) aminokwasów (elementów do budowania białek) do mRNA (projektu) i łączenie przez rRNA (fabryka) aminokwasów w białka. Selekcja jest spowodowana automatycznym głodem na elementy w środowisku namnarzających się cząstek, które ciągle je absorbują i dlatego do dalszego etapu gerpedelucji przechodzą tylko te, które albo lepiej to robią samodzielnie albo łączą się w lepiej pozyskujące elementy grupy.
Poprawianie projektów w fabrykach jest procesem świadomym, który realizowany jest w biurach konstrukcyjnych, natomiast w przypadku replikatorów odbywa się to w sposób naturalny, w wyniku przypadkowych zmian w trakcie procesu replikacji. Elementy w niektórych łańcuchach mogą być przestawione, dostawione lub usunięte, pozostałe pozostają niezmienione.
S y s t e m a u t o d y n a m i c z n y:
Bulion pierwotny był tym środowiskiem, w którym w sposób naturalny (wynikający z praw fizyki i chemii) zaistniały cząstki RPD, a te w sposób naturalny wygenerowały proces walki konkurencyjnej o zasoby potrzebne im do odbudowy po podziale. Proces ten, z kolei, zaczął zwrotnie wpływać na cząstki powodując zmiany ich budowy w kolejnych pokoleniach. Bulion pierwotny okazał się zatem być systemem autodynamicznym czyli systemem, który generuje procesy, które zwrotnie zmieniają sam system lub jego elementy. I ta autoprzebudowa elementów i procesów przez nie generowanych trwa po dziś dzień, a wirusy, grzyby i każdy człowiek oraz każda jego komórka są elementami tego systemu.
Otoczenie murem miejscowości powoduje, że mieszka się w niej bezpieczniej. Owinięcie błoną współpracujących ze sobą elementów replikatorów syntetyzujących przyczyniło się do lepszej ich współpracy i lepszego pozyskiwania i/lub utrzymywania zasobów. Jak już wspominaliśmy błony fosfolipidowe też są cząstkami typu RPD. Najbardziej zatem prawdopodobnym jest, że jedna z naturalnych modyfikacji projektów, do których dochodziło podczas powielania się replikatorów syntetyzujących, zaskutkowała tym, że wśród produkowanych przez nie obiektów białkowych pojawiły się również i takie, które potrafiły przyciągnąć do siebie fosfolipidy, a te utworzyły błonę otulającą replikator syntetyzujący. I w ten oto sposób powstały pierwotne komórki, uważane powszechnie za obiekty żywe.
E w o l u c j a b i o l o g i c z n a:
Jeśli podmiotami gerepedelucji będą obiekty żywe, a drugi z jej etapów - selekcja - będzie polegał na grze rozgrywanej pomiędzy tymi obiektami, grze która wyłania zwycięzców mających prawo do powielenia, grze w której można stosować dowolne taktyki (np. walki wprost lub tworzenia koalicji), to otrzymamy szczególny przypadek gerpedelucji - ewolucję biologiczną.
Wraz z pojawieniem się komórek proces ewolucji biologicznej, który sam w sobie jest elementem systemu autodynamicznego, również zaczął ulegać modyfikacji. Z procesu stosunkowo prostego, o trzech dobrze zdefiniowanych i następujących kolejno po sobie etapów, zmienił się w proces bardzo skomplikowany, w którym między innymi początkowo etapy zaczęły się na siebie nakładać, a następnie wewnętrzne projekty genetyczne zostały wzmocnione zewnętrznymi projektami memetycznymi, do których zalicza się przekazywaną ustnie, gromadzoną w książkach lub zapisywaną na dyskach komputerów, wiedzę wpływającą na ludzkie zachowania.
S i ł a e w o l u c j i b i o l o g i c z n ej:
Przeciwnicy teorii ewolucji posługują się argumentem, że prawdopodobieństwo przypadkowego powstania nawet całkiem prostej cząsteczki białka w bulionie pierwotnym może zdarzyć się raz na 10113 przypadków, a bardziej skomplikowango enzymu raz na 10
Wystarczy jednak przeprowadzić kilka prostych obliczeń by dostrzec ogromny potencjał twórczy tkwiący w procesie ewolucji biologicznej. Obliczmy ile bakterii powstałoby w ciągu czterech i pół miliarda lat, przy założeniu, że rozmnażają się one co jeden dzień? Pierwszego dnia są dwie, drugiego każda z nich się podzieliła, co razem daje cztery, trzeciego osiem… Ogólny wzór znany jest nawet dwunastolatkom: w n-tym dniu ich liczba powinna wynieść dwa do potęgi n-tej. To ile w takim razie powinno ich być, dajmy na to, po 1 642 500 000 000 dniach (4.5 miliarda lat razy 365 dni)? Odpowiedź zadziwia i daje do myślenia: 10500 000 000 000! Jakże śmiesznie przy tej cyfrze wygląda cytowane przed chwilą „krańcowo małe prawdopodobieństwo” wynoszące jeden do 1040 000. Z tego prostego rachunku wynika, że przy tak określonej rozrodczości (przypomnę – jeden podział na dzień, a bakterie w sprzyjających warunkach – gdy niezbędnych zasobów jest tyle, ile potrzeba – potrafią się mnożyć nawet do siedemdziesięciu razy szybciej). Zatem na to, by w ciągu istnienia Ziemi w sposób losowy powstał taki, a nie inny łańcuch nukleotydów, natura mogła wykorzystać 10500 000 000 000 prób.
Replikacja na poziomie niższym niż komórkowy musiała przebiegać o wiele szybciej: replikacja DNA postępuje z prędkością tysiąca nukleotydów na sekundę. Zatem przy założeniu, że okres replikacji pierwotnych replikatorów wynosił na przykład jedną sekundę, to z jednego replikatora już po zaledwie dwóch dniach powstałoby ich 1052 016.
Problem ze zrozumieniem jak działa ewolucja biologiczna wynika z tego, że my ludzie postrzegamy świat poprzez pryzmat procesów liniowych, natomiast gerepedelucja jest procesem wykładniczym - w swym charakterze podobnym do lawiny lub wybuchu.
Niewyobrażalnie wielka liczba prób to pierwszy z mocnych mechanizmów ewolucji biologicznej ale nie jedyny, ma ona bowiem jeszcze jeden - zapadkę ewolucyjną.
C h a r a k t e r y s t y k a e w o l u c j i b i o l o g i c z n e j:
Do konkurencji o niezbędne zasoby dochodzi bardzo szybko. Gdybyśmy dysponowali superpożywką o objętości jeziora Bajkał to do sytuacji, w której bakteriom przyszłoby toczyć bratobójcze walki o elementy potrzebne do odbudowy, koniecznych jest zaledwie 100 podziałów. Gdyby zatem podwajały się one co dwadzieścia minut, to do prawdziwej walki o byt pomiędzy nimi doszłoby w ciągu niespełna dwóch dni!
Badaniem sytuacji konfliktowych zajmuje się matematyczna teoria gier, i właśnie tę teorię wykorzystano do badania procesu ewolucji biologicznej. Kluczowymi w określeniu charakterystyk tego procesu okazały się tak zwane gry ewolucyjne: "Gołębie Jastrzębie", "Mała ewolucja" i "Mała ewolucja grupowa". Analiza tych gier wykazuje, że ewolucja biologiczna posiada mechanizm zapadkowy, który powoduje powstawanie coraz to doskonalszych obiektów żywych, pod warunkiem, że funkcja selekcyjna jest odpowiednio silne. Ta naturalna doążność tego procesu w kolejnych pokoleniach selekcjonowanych obiektów w sposób naturalny faworyzuje dwa rodzaje obiektów: coraz doskonalsze obiekty samodzielne oraz coraz lepiej współpracujące ze sobą grupy obiektów. Oczywiście w obu przypadkach chodzi o coraz skuteczniejsze pozyskiwanie zasobów.
Mechanizm ten prowadzi do dwóch charakterystycznych wyodrębnień: specjacji - czyli rozdzielenia się gatunku obiektów żywych na dwa różne oraz symbiogenezy - czyli integrującej współpracy przedstawicieli różnych gatunków obiektów żywych. Tę charakterystykę ewolucji biologicznej ilustruje schemat o nazwie HeKroGram:
P o z i o m y o r g a n i z a c y j n e o b i e k t ó w ż y w y c h:
Ta naturalna charakterystyka procesu ewolucji biologicznej przyczyniła się do powstania kilku poziomów organizacji obiektów żywych. Jeśli zgodnie z rozważaniami Fizyki Życia przyjmiemy, że obiekt żywy to zbiór współpracujących ze sobą powielających się elementów, wówczas możemy wyróżnić kilka poziomów organizacycjnych obiektów żywych w zależności od tego czym są elementy, z których jest on zbudowany.
Ponieważ najprostszą formą życia są replikatory syntetyzujące należy je uznać za formę życia pierwszego poziomu,
Wyżej znajdują się na przykład mitochondria i bakterie, które stanowią formę życia drugiego poziomu, ponieważ są obiektami złożonymi ze współpracujących ze sobą elementów organizacyjnej formy życia pierwszego poziomu,
Konsekwentnie, zbudowana z elementów pierwszego i drugiego poziomu organizacyjnego życia komórka eukariotyczna stanowi organizacyjną formę życia poziomu trzeciego,
Człowiek i mrówka - obiekty zbudowane z komórek eukariotycznych - to formy życia czwartego poziomu organizacyjnego.
Z kolei społeczności typu WSS np.: mrówki, osy i termity stanowią organizacyjną formę poziomu piątego.
Natomiast specyficzne cząstki typu RPD, które zainicjowały proces gerpedelucji, i których gerpedelucyjnymi sukcesorami są replikatory syntetyzujące, mogą być uznawane za formę życia zerowego poziomu organizacyjnego.
D o s k o n a ł o ś ć a s e l e k c j a:
Czym zatem są obiekty żywe? Efektem procesu, w którym zdecydowana większość obiektów nie przeżywa lub zabija się nawzajem zanim wyda potomstwo, jednak te które pozostają stanowią perfekcyjną mniejszość. Chyba najlepiej oddaje to sparafrazowany cytat z "Fausta" Johann'a Wolfgang'a von Goethe: Więc kimże w końcu jesteś? Jam częścią tej siły, która wiecznie czyniąc zło, tworzy doskonałość.
K l u c z e d o z r o z u m i e n i a:
W celu szybszego zrozumienia całości przedstawionego materiału warto skoncentrować się na dokładnym przestudiowaniu następujących tematów:
Emergencja - powstawanie w systemie nowych właściwości, których nie mają pojedyncze obiekty wchodzące w jego skład
Naturalne przyswajanie materiału przez pewnego typu cząstki do budowania samych siebie
Zjawisko RPD - cykliczny proces odbudowy i podziału cząstek chemicznych
Dwie właściwości zasad azotowych: komplementarność i to, że stanowią elementy nukleotydów
Właściwości nukleotydów - fakt, że stanowią elementy łańcuchów RNA i DNA
Właściwości białek: łańcuchy zbudowane z aminokwasów cechują przeróżne (nawet bardzo skrajne) właściwości
Właściwości tRNA: w zależności od sekwencji trzech nukleotydów w, tak zwanym, antykodonie łączy się z jednym typem aminokwasu
Funkcjonalność rybosomu (rRNA): budowa łańcucha z aminokwasów na podstawie informacji (sekwencji kodonów) jaką stanowi mRNA
Naturalna replikacja zniekształcająca - mutacje
Charakterystyka opartego na gerpedelucji procesu ewolucji biologicznej z jej mechanizmem zapadki doskonalącej.
Dokładne zrozumienie tych zagadnień stanowi klucz do rozważań na temat powstania i dalszego rozwoju życia.
C o p r z e s z k a d z a w z r o z u m i e n i u?:
brak odpowiednich i jednoznacznych pojęć (ewolucja, łańcuch sukcesji, przodek-prewoluant)
nieadekwatny język stosowany w literaturze: "muszą się dostosować", "muszą zmienić swoje geny", "ryby przeszły mutację genetyczną, żeby się przystosować"
nieintuicyjność mechanizmów, która rządzą procesem ewolucji biologicznej, np.: zmiany zależą od liczby cykli, a nie od czasu
znikoma wiedza na temat matematycznej teorii gier - systemy edukacyjne i media kształcą myślenie redukcjonistyczne, a nie absolutne, na które składają się między innymi: myślenie systemowe, teoriogrowe, populacyjne (teoriomnogościowe).
fakt, że modyfikacjom podlegają kolejne pokolenia osobników, a nie osobniki
"bezduszność" ewolucji biologicznej - selekcja to pozbawienie prawa do posiadania potomstwa, głównie poprzez zabicie
animizacja i antropomorfizacja - ludzka cecha polegająca na przypisywanie świadomej celowości procesom naturalnym, których się nie rozumie (inaczej: mylenie naturalnej dążności z determinizmem)
zjawisko zagnieżdżania i przenikanie się etapów gerpedelucji w ewolucji biologicznej, wieloźródłowość projektów genetycznych i emergencja projektów memetycznych
nieintuicyjne pojęcie systemu autodynamicznego
nieintuicyjność procesów wykładniczo narastających
nieintuicyjność procesów nieliniowych
fakt, że większość z nas obserwuje zaledwie fragment procesu ewolucji biologicznej (dziadkowie, rodzice, dzieci, wnuki), czyli skala prędkości działania ewolucji biologicznej. Dla przeciętnego obserwatora procesy ewolucyjne są na tyle powolne, że w praktyce niedostrzegalne. Aktywność przeciętnego człowieka sprowadza się do około 45 lat, a ewolucja trwa już od 4 500 000 000 lat. Te dwie liczby mają się do siebie jak trzy dziesiąte sekundy do roku.
Dziennik: